Konzerne sind und handeln immer profitorientiert!
Der Einsatz von Shadowrunnern deutet meist auf einen illegalen oder semilegalen Inhalt hin. Legale Dinge werden normalerweise von Konzernangestellten erledigt.
Bringt dem Konzern der Einsatz kein Profit/Vorteil, so muss begründet werden warum die Aktion nötig ist/war...
Erfolg und Fehlschläge entscheiden oft über die Karrieren der Verantwortlichen, und das Business ist hart, kein Platz für Fehler in der Chefetage.
Allgemein sind die Konzerne von SR recht einfach zu kategorisieren, und die großen Megakons haben eigentlich alle überall ihre Finger drin bzw. wollen immer weiter wachsen und in neue Bereiche expandieren, das tun sie meist im Gewand der Tochterfirmen. Und davon gibt es so viele, dass man sie gar nicht alle aufzählen könnte, und bis man fertig ist, hat mindestens eine den Besitzer gewechselt, Namen geändert oder ist mit einer anderen Firma fusioniert bzw. untergegangen...
So gesehen, gibt es nur wenige Probleme deinen Plan an eine eigens kreierte Tochterfirma zu schalten.
Und das was du erzählst, das deine Spieler widersprechen bzw. sich besser in der Welt von SR auskennen ist doch eher gut als schlecht und kann zu schönerem Rollenspielerlebnissen führen, du musst dich nur drauf einlassen und sie lenken...
Die meisten der Megas haben besondere Steckenpferde, d.h. Bereiche in denen sie besonders gut sind. Wenn man diese kennt, kann man schon mit einer Erwähnung das sie darin envolviert sind beim Spieler Erwartungen, Ängste und Misstrauen säen... Gerade wenn die Spieler sich auskennen, denn dann kommen alle Bösen Machenschaften die sie über diesen Konzern wissen in den Kopf gesprungen.
Beispiel: Erwähnt man Aztech im Zusammenhang mit Magie, denken die meisten gleich "Blutmagie".
Renraku und Technomancer, gleich Experimente an diesen.
Ares und Prototypen, irgendwelche neuen militärischen Prototypen/Waffen.
usw.
Aber das sind nur Klischees und können jeder Zeit auch gebrochen oder umgangen werden. Wie gesagt es sind Megakonzerne die sich für alles und jeden der ihnen Profit bringt interessieren.
Abgesehen davon kannst du auch immer mal die Situation haben, dass ein Angestellter eines Megakons die Mittel des Konzerns für seine eigene Agenda missbraucht. Nicht selten versuchen sich Emporkömmlinge durch vermeitlich schlaue Ideen zu profilieren... da wird dann auch mal etwas angeordnet, was gar nicht zum Konzern passt.
Einen Run mit starkem blutmagischen Hintergrund für Ares? Vielleicht eine Aktion der Forschungsabteilung... oder aber eine Aktion von einem jungen leitenden Angestellten, der gar keine Authorisierung dafür hat und damit beweisen will, dass das ja eine gaaaaaaaanz sinnvolle Idee für Ares ist.
Wenn deine Spieler protestieren, sag ihnen, sie sollen das über ihre Charaktere zum Ausdruck bringen. Und wenn dir dann keine Begründung liefern kannst oder möchtest, kann dein Johnson immer noch sagen, dass die Runner dafür bezahlt werden, den Run zu erledigen, nicht zu hinterfragen. Wenn es ihnen nicht passt, können sie ja gehen und er sucht sich ein anderes Team.
EDIT: Meine Runner durften mal einen Roadtrain überfallen und klauen... neben einer Beteiligung am Ertrag hat der Auftraggeber einen der Container den Runnern geschenkt. Es war ein Ares-Container. Die Spieler hatten sofort die Verbindung Ares = Waffen, ergo Ares-Container = dickes Waffenlager im Kopf... tatsächlich war es ein Tiertransport für den Ares-Sicherheitsdienst mit abgerichteten Bargheesten. Im Kampf um den Roadtrain wurde das Belüftungssystem am Container beschädigt, was den Innenraum mit Sauerstoff und einem Betäubungsgas füllte... der Streetsam, der den Container geöffnet hat, hat sich erstmal eingepinkelt...
viele Megakon haben ja auch "Töchterunternehmen" mit Überschneidungen (wirtschaftliche Konkurrenten, Technologieneid, Prestigegerangel)
SK - Automarken BMW (Stolz, das Fundament eines AAA Konzerns zu sein - stinkig, nicht im Namen bedacht worden zu sein) und Volkswagen (Zukauf von Treuhand in den letzen Jahren )
wärend Goldi seine strategische und taktische (Micromanagment) Linie fährt, fangen ein paar Automanager einen Schattenkrieg an.
Natürlich nicht mit Konzernressourcen...also muss Schwarzgeld her (Bezahlung in "extrem leicht stehlbaren" Autos)...also müssen "Abstreitbare" her (um Autos zu Geld zu machen, um Aktionen gegen VW zu machen etc.)...also kann man "irgendwie" für BMW arbeiten und hat trotzdem SK-Prime am Arsch. Und natürlich hat Mercedes ein Interesse daran, dass dieser SK-Töchterkrieg nicht zu schnell endet...
welcher Schmidt sich da wie verhält und auftritt, ist vollkommen offen. Das ganze paranoide Intrigenspiel darf aufgefahren werden...
(so würden sich ein SK-ler Schmidti nie benehmen! ach ja? und wie würden sich denn ein BMW-Exec benehmen, der so tut, als wäre er ein VW-ler? 
)